Статистика: Лучший эпизод Евангелиона

Победив последнего Ангела, NERV сталкивается с более зловещей угрозой: пока Гэндо Икари начинает подготовку к Третьему удару, на их подземную штаб-квартиру нападают боевики Seele.

Проект «Инструментальность человека» продолжается, пока человечество пытается завершить своё существование. Синдзи продолжает бороться с последствиями своего существования.

Воздушный флот организации WILLE успешно проводит парижскую операцию: отбивается от армии беспилотных роботов, активирует гигантский уплотнительный столб, восстанавливает город и заполучает боеприпасы

Когда депрессия Аски достигла такого уровня, что она впала в кататонию, она сбежала из дома, но агенты Нерва нашли её в заброшенном доме, где она сидела обнажённой в ванне.

Начинается проект «Человеческая инструментальность», объединяющий души людей в единое целое. Синдзи, Рей, Мисато и Аска пытаются понять смысл своего существования.

Unit 03, перевозимый из США в Японию на самолёте, пролетает сквозь микроскопического Ангела, замаскированного под странное облако, и заражается.

Синдзи приходит в себя после комы, в которую он впал, пытаясь спасти Рэй из поглотившего её Ангела. На парня надет сдерживающий ошейник.

Синдзи, потрясённый и эмоционально опустошённый битвой между Отрядом 01 и Бардиэлем, а также тем, что Тодзи был на грани смерти, и безразличием Гендо к происходящему, во второй раз покидает «Нерв».

После очередного поражения от Ангела коэффициент синхронизации Аски продолжает снижаться, что влияет на её способность пилотировать Еву-02. Воспоминания раскрывают трагическое детство Аски.

В небе над Токио-3 появляется новый и крайне необычный ангел, Лелиэль, представляющий собой чёрно-белую сферу. Все три Евангелиона выдвигаются для атаки, но атака Синдзи оказывается бесполезной.

Аска переезжает в квартиру Синдзи и Мисато, где они живут. Пока Аска привыкает к Японии, на неё нападает Ангел Исрафель. После того как Исрафель, казалось бы, был побеждён, он разделяется на две копии

Синдзи уже почти смирился с необходимостью управлять боевым роботом «Ева-01», когда он знакомится с новыми девушками-пилотами, которым искренне нравится их занятие

Боевым пилотом робота серии «Еванглион» становится 14-летний Синдзи Икари — сын руководителя NERV Гэндо Икари, замкнутый и необщительный подросток, тяжело переживающий отдаление отца.

Пилоты «Евангелиона» (кроме Рей) с нетерпением ждут предстоящей поездки на Окинаву, но с грустью узнают, что не могут покинуть Токио-3, так как должны быть наготове на случай нападения Ангела.

Заместитель командира Кодзо Фуюцуки был похищен и подвергнут допросу со стороны Сил, которые были возмущены тем, что во время своего последнего боя Подразделение 01 поглотило двигатель S² из Ангела.

Евангелион Unit 00 наконец-то отремонтирован после того, как он вышел из строя во время эксперимента, в котором участвовал до событий первого эпизода. Синдзи пытается лучше узнать пилота Unit 00, Рей.

Мисато сопровождает Синдзи и его друзей Тодзи и Кенске во время полёта к авианосной ударной группе Организации Объединённых Наций, которая перевозит Евангелион Unit 02 и его вспыльчивую пилотессу.

В кульминационный момент масштабной битвы с Ангелом Зеруэлом Синдзи достиг коэффициента синхронизации с Евой-01, превышающего 400 %, что считалось невозможным.

Электроснабжение в Токио-3 полностью отключено в результате диверсии, совершённой неизвестными лицами. Большая часть персонала «Нерва» оказалась в ловушке внутри базы.

Пилоты проходят тест на синхронизацию под руководством Рицуко в глубине штаб-квартиры Nerv, когда на самой базе появляется новый Ангел, Иреул, которого поначалу принимают за коррозию.

В 2000 году первый катастрофический контакт с таинственными существами, известными как Ангелы, привёл к глобальному катаклизму, известному как Второе пришествие.

Ангел Рамиэль пробивается сквозь верхние слои Токио-3, чтобы добраться до штаб-квартиры «Нерв» на геофронте внизу.

После того как последний Ангел вторгся в её разум, Аска впадает в клиническую депрессию. Следующий Ангел, Армизаэль, нападает и пытается слиться с Бойцом 00.

Кадзи начинает тайно расследовать тёмные тайны Нерва, после чего он, Мисато и Рицуко отправляются на свадьбу. Тем временем Рей и Синдзи остаются после уроков, чтобы прибраться.

Синдзи приходит в себя в больнице, не помня, как накануне вечером сражался с Ангелом. Гендо не хочет иметь с ним ничего общего.

2015 год, Токио-3. 15 лет назад произошёл Второй удар, в результате чего Антарктида растаяла, Землю накрыла глобальная катастрофа, и большая часть человечества погибла. Теперь планету атакуют Ангелы.

Первая половина этого эпизода представляет собой показ отрывков в форме отчёта Сиэль, в котором она анализирует действия Гендо, подводит итоги первого сезона и рассказывает о сюжете до этого момента.

Пока Гендо и Фуюцуки выполняют задание в Антарктиде, на орбите Земли появляется огромный Ангел, Сахакиэль, вне досягаемости Евангелионов, и запуск в его сторону нескольких бомб N² не даёт эффекта.

Из-за стресса, вызванного тем, что его сделали пилотом «Евангелиона», предыдущей битвой с Шамшелем и ссорой с Мисато, Синдзи убегает из дома и вскоре встречает Кенсуке в поле.

Доктор Рицуко Акаги, главный научный сотрудник «Нерва», рассказывает Синдзи о секретной природе «Второго удара», об Ангелах и о миссии «Евангелионов» по их уничтожению.

Катастрофа случается неожиданно, когда «Нерв-02», вторая база «Нерва» в Неваде, таинственным образом исчезает в одно мгновение, в результате в радиусе восьмидесяти девяти километров гибнет всё живое.

Синдзи поступает в школу № 3 в Токио и знакомится с одноклассниками Тодзи Судзухарой, Кенсуке Аидой и Хикари Хораки. Тодзи злится на Синдзи за то, что его сестра была ранена во время первого боя.